Lewati ke konten utama
Beranda / Hasil pencarian

Hasil pencarian

Jelajahi seluruh publikasi yang tersedia.

2 hasil
Subjek: in silico
DaftarKartu
BookOpen AccessMetadata saja

PENAMBATAN MOLEKULER 25 SENYAWA AKTIF DARI JAHE (Zingiber officinale) SEBAGAI PENGHAMBAT AKTIVITAS HMG-KoA

2025Koleksi Perpustakaan

Kolesterol merupakan salah satu golongan lemak padat seperti lilin, penumpukan lemak padat secara berlebih disebut dengan penyakit kolesterol. Salah satu penyakit yang paling banyak diderita oleh masyarakat Indonesia. Pemanfaatan tanaman herbal banyak digunakan oleh masyarakat dalam mengobati penyakit salah satunya kolesterol, pemanfaatan tanaman jahe salah satunya diteliti secara in vitro dan in silico sebagai acuan pembuktian terbuktinya adanya aktivitas biologis sebagai penghambat aktivitas HMG-KoA dari jahe sebagai anti kolesterol. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis 25 senyawa aktif dalam jahe yang memiliki aktivitas penghambat aktivitas HMG- KoA sebagai anti kolesterol secara in silico menggunakan aplikasi Molegro Virtual Docker. Data diperoleh dengan dua tahapan, tahapan pertama pengambilan reseptor protein dari situ Protein Data Bank (PDB) yang memiliki aktivitas anti kolesterol kemudian divalidasi hingga memiliki nilai validasi < 2Å. Tahapan kedua 25 senyawa aktif yang terkandung dalam jahe dan ligan pembanding di docking kemudian diuji sifat fisikokimia berdasarkan Lipinski rule’s of five , ADME dan toksisitas. Hasil dari penelitian menunjukkan kode reseptor yang digunakan yaitu 1HW9, 2Q6C, dan 1DQA dengan nilai validasi <2Å. Kemudian 25 senyawa dilakukan docking dibandingkan dengan Simvastatin sebagai ligan pembanding dengan nilai paling baik senyawa gingerenon dengan kode 1DQA dengan nilai Rerank score -104,397 kkal/mol dan memiliki kategori absorpsi, distribusi, metabolisme dan toksisitas yang baik.

1 dilihat · 0 unduhanSitasiDetail
BookOpen AccessMetadata saja

PENAPISAN VIRTUAL SENYAWA BIOAKTIF TANAMAN KEMANGI (Ocimum basilicum) SEBAGAI INHIBITOR DNA GYRASE UNTUK PENGOBATAN TIPES

2023Koleksi Perpustakaan

Tipes merupakan salah satu penyakit terbanyak di setiap negara. Tipes merupakan penyakit yang disebabkan oleh Salmonella typhi. DNA gyrase adalah enzim pengatur supercoiling DNA. Tujuan Penelitian ini untuk menentukan aktivitas dari senyawa Ocimum basilicum terhadap bakteri Salmonella typhi secara in silico dengan protein DNA gyrase. Dengan metode penambatan molekul menggunakan perangkat. Berdasarkan hasil penambatan tersebut didapatkan 10 kandidat senyawa terbaik dan mempunyai potensi sebagai penyakit tipes. Berdasarkan hasil visualisasi, hasil penambatan senyawa tersebut menunjukan adanya interaksi terhadap asam amino protein DNA gyrase. Penyiapan penambatan molekul didapatkan nilai grid box dengan center_x = -11.902, center_y = 35.617, center_z = 28.271 dan size 58 x 86 x 66 dengan spacing 1,000. Validasi penambatan molekuler didapatkan hasil RMSD 1,232 yang mendekati ligan pembanding. Visualisasi 2D terdapat 10 kandidat terbaik diantaranya secoisolariciresinol menunjukan adanya 5 ikatan hidrogen, 15 van der waals dan 6 ikatan lainnya, dan 10 senyawa lainnya. Analisis Lipinski’s rule of Five didapatkan 10 kandidat terbaik yaitu secoisolariciresinol, beta-bourbonene, beta-bourbonene, methoxyphenyl, gamma cadiene, d-carvone, copaene, alpha terpineol, fenchol, I- menthol dan limonene. Analisis toksisitas didapatkan imunotoksik sebanyak 3 dari 10 senyawa terbaik beta-bourbonene, methoxyphenyl, gamma cadinene. Hasil penambatan molekul dengan 5 perangkat lunak masih memiliki aktivitas yang lebih rendah dibanding dengan senyawa pembanding yaitu Ciproloxacin.

1 dilihat · 0 unduhanSitasiDetail