PENAPISAN VIRTUAL SENYAWA BIOAKTIF TANAMAN KEMANGI (Ocimum basilicum) SEBAGAI INHIBITOR DNA GYRASE UNTUK PENGOBATAN TIPES
Tipes merupakan salah satu penyakit terbanyak di setiap negara. Tipes merupakan penyakit yang disebabkan oleh Salmonella typhi. DNA gyrase adalah enzim pengatur supercoiling DNA. Tujuan Penelitian ini untuk menentukan aktivitas dari senyawa Ocimum basilicum terhadap bakteri Salmonella typhi secara in silico dengan protein DNA gyrase. Dengan metode penambatan molekul menggunakan perangkat. Berdasarkan hasil penambatan tersebut didapatkan 10 kandidat senyawa terbaik dan mempunyai potensi sebagai penyakit tipes. Berdasarkan hasil visualisasi, hasil penambatan senyawa tersebut menunjukan adanya interaksi terhadap asam amino protein DNA gyrase. Penyiapan penambatan molekul didapatkan nilai grid box dengan center_x = -11.902, center_y = 35.617, center_z = 28.271 dan size 58 x 86 x 66 dengan spacing 1,000. Validasi penambatan molekuler didapatkan hasil RMSD 1,232 yang mendekati ligan pembanding. Visualisasi 2D terdapat 10 kandidat terbaik diantaranya secoisolariciresinol menunjukan adanya 5 ikatan hidrogen, 15 van der waals dan 6 ikatan lainnya, dan 10 senyawa lainnya. Analisis Lipinski’s rule of Five didapatkan 10 kandidat terbaik yaitu secoisolariciresinol, beta-bourbonene, beta-bourbonene, methoxyphenyl, gamma cadiene, d-carvone, copaene, alpha terpineol, fenchol, I- menthol dan limonene. Analisis toksisitas didapatkan imunotoksik sebanyak 3 dari 10 senyawa terbaik beta-bourbonene, methoxyphenyl, gamma cadinene. Hasil penambatan molekul dengan 5 perangkat lunak masih memiliki aktivitas yang lebih rendah dibanding dengan senyawa pembanding yaitu Ciproloxacin.